在畢業生就業協議當中，畢業生的義務是向用人單位如實地介紹自己的情況，并按時到用人單位進行報到。用人單位的義務是如實向畢業生介紹自己的情況，負責辦理畢業生有關手續。學校的義務則是負責完成有關的派遣工作，畢業生就業協議是畢業生分配的具體體現。勞動合同是勞動者與用人單位確立的勞動關系，明確雙方的權利和義務的合同。

2、主體不同

　　就業協議書主體有三方，畢業生、用人單位、高等院校。畢業生和用人單位是人才市場上的平等主體，雙方經過供需見面，雙向選擇而達成協議。勞動合同的主體雙方，則是勞動者和用人單位，用人單位和勞動者之間是管理和被管理的關系。

3、法律依據不同

　　畢業生就業協議是無名合同，適用《民法通則》、《合同法》、國家有關畢業生就業分配的法律法規和其他相關政策規定，這個協議一經簽訂，各方應嚴格履行，任何一方要變動這個協議，需提前一個月取得另外兩方面的同意，否則按違約處理。勞動合同是有名合同，適用《勞動法》、《勞動合同法》、《勞動爭議調解仲裁法》等法律規范。

4、簽訂時間不同

　　一般來說就業協議簽訂在前，勞動合同訂立在后。就業協議是畢業生在找工作過程中落實用人單位后簽訂的，就業協議的簽訂在學生離校前。勞動合同是畢業生到用人單位報到后訂立的。如果畢業生與用人單位在工資待遇、住房等方面有事先約定，可在就業協議的約定條款中注明，附后補充**日后訂立勞動合同時對此內容應予以認可。

5、適用的人員不同

　　勞動合同可以適用與各類人員?凡是中華人民共和國公民只要有勞動能力并符合法律規定的條件，經過供需見面雙向選擇，一經錄用都可以與用人單位簽訂勞動合同。就業協議只適用與高校畢業生。

6、糾紛解決方式不同

　　畢業生因就業協議發生糾紛，任何一方均可以向人民法院提起訴訟，不能提請勞動爭議仲裁。若因勞動合同發生糾紛，任何一方均可向當地的勞動爭議仲裁委員會申請仲裁，當事人對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提請訴訟;仲裁是訴訟的前置程序，如當事人就勞動爭議直接向人民法院起訴的，人民法院不予受理。